プロテオミクス(iMPAQT法)

プロテオミクス(iMPAQT法) 測定受託サービス

概要・特徴

プロテオミクスでは対象となるタンパク質の同定を目的とした定性分析から、個々の分子の量的関係を把握する定量分析まで、用途によって様々な分析法が存在します。当組合ではターゲット定量プロテオミクスである『iMPAQT法』を提供しています。

『iMPAQT法(in vitro proteome-assisted MRM for Protein Absolute QuanTification)』は九州大学・生体防御医学研究所の中山敬一 先生・松本雅記 先生らによって開発された次世代の定量プロテオミクス技術です1)。本技術では約18000種の組換えタンパク質から質量分析計で測定するためのメソッドデータベースを構築しており、1時間に数百種のタンパク質を同時定量(最大400種/時間)することが可能です。特定のpathwayのタンパク質を一度に定量分析したい場合や、抗体では分離の難しいサブタイプの分析をされたい方にお勧めです。

1)Matsumoto M, et al., A large-scale targeted proteomics assay resource based on an in vitro human proteome., Nat Methods., 2017 Mar;14(3):251-258.

特徴① 18000種のヒト組換えタンパク質から構築された質量分析データベース

ヒト組換えタンパク質約18000種を人工合成し、LC-MS/MS測定することで、各タンパク質を質量分析測定するためのメソッドデータベースを構築しています。データベースは順次拡大しており、将来的にはマウスなど動物への適用も目指して開発を継続中です。

特徴② 高感度プロテオミクス前処理と高速Scheduled MRM分析

九州大学生体防御医学研究所の中山敬一 先生・松本雅記 先生の元で考案されたプロテオミクス用前処理手法(特許出願中)を用いて分析を行います。消化効率改善や吸着抑制効果を高めた前処理法となっており、目的タンパク質を高感度かつ高精度に検出します。また、高度にSchedule化されたMRM分析により1時間で最大400種のタンパク質を定量分析することが可能です。

特徴③ 大規模分析から個別分析まで幅広いニーズに対応可能

iMPAQTデータベースを活用すれば、分析したい複数のタンパク質をパネル化する事が可能です。アイソザイムなど抗体では分離できずに諦めていた方もiMPAQT法ならば分析ができるかもしれません2) 。

2)Morita M, et al., PKM1 Confers Metabolic Advantages and Promotes Cell-Autonomous Tumor Cell Growth., Cancer Cell. 2018 Mar 12;33(3):355-367.

原理

基本的な原理はLC-MS/MSを用いたMultiple Reaction Monitoring(MRM)分析となります。MRM法は、四重極(Q-pole:Quadrupole)を3つタンデムに連ねた三連四重極型質量分析計において、プリカーサーイオンを通すQ1フィルターと、CID(衝突誘起解離)による開裂後の断片であるプロダクトイオンを通過させるQ3フィルターの組み合わせを設定することで、特定のペプチドを特異的かつ高感度に定量分析する手法です。

MRMの感度や定量ダイナミックレンジは通常のフルスキャンMSスペクトルの取得と比べて格段に高いですが、一方で選択するペプチドやCIDによるフラグメントの質量を事前に知っておく必要があり、対象に合わせた各分析パラメーターの最適化も不可欠となります。iMPAQT法では組換えタンパク質をベースにこれら事前情報を取得・データベース化しているため、細胞や組織検体などの内在性タンパク質を効率よく定量分析することが可能です。

iMPAQT分析についての注意事項

当組合が提供するiMPAQT技術を使った分析では、標準品として合成ペプチドを使用しますので、定量値は合成ペプチド換算の値となります(前処理工程でのタンパク質の精製や、酵素消化効率は反映されておりません)。また、定量値は添加した内部標準ペプチド濃度から算出した(一点検量線)での値となります。あらかじめご了承ください。

分析例

ヒト癌細胞11種を対象に、主要代謝酵素群約340種を一斉定量分析し、ヒートマップを作成しました。本測定により各癌細胞が生存するためにどの代謝経路を活性化させているのかを可視化することが可能です。

関連論文掲載情報

測定機器

QTRAP®6500 システム(SCIEX社)
ACQUITY UPLC H-Class システム(Waters社)

測定サンプル

ヒト培養細胞

ヒト凍結組織

その他につきましてはお問い合わせください。

サンプル調製

培養細胞:PBSで洗浄した培養細胞をペレットにし、-80℃以下で凍結保存

組織:30 mg ~ 50 mg(5 mm×5 mm程度)にカットし、専用のマイクロチューブに入れ-80℃以下で凍結保存

詳細はお問い合わせください。

測定可能項目

ヒト主要代謝酵素 約340種

測定分子パネルリストをご参照ください。(2018年7月4日現在)

パネル内容は予告なしに変更する場合がございます。出検前にご確認ください。

測定分子パネルリスト(96.7 KB)

カスタム分析について

特定のタンパク質のサブタイプ分析や、良い抗体がなくWestern blotなどで検出できずに困っていませんか?iMPAQTデータベースは18000種のタンパク質分析メソッドデータベースがありますので、測定分子パネルリスト外の個別分子解析も可能です。お気軽にお問い合わせください。

価格

お問い合わせください。

納期

検体受領より2箇月程度

カスタム分析の場合は標準品の納品と検体受領が完了してから2箇月程度

納品物

最終報告書、

分析結果を記録したCD-R

最終報告書例はあくまで参考程度にお考えください。出検サンプルや分析対象・依頼条件等によって内容は変更されます。

最終報告書(1.34 MB)

分析結果(103.87 KB)

問合せ

リーフレット

プロテオミクス(iMPAQT法)(1.42 MB)