次世代シーケンス（NGS）受託解析サービス
次世代シーケンサーを用いた、RNAの網羅的な発現解析（RNA-seq）や、転写修飾因子の結合領域の推定、ヒストン修飾のDNA領域探索（ChIP-seq）、エクソン領域の変異解析（Exome-seq）、腸内細菌叢解析をご提供します。
KPSLのNGS解析の特徴
- １サンプル から受付いたします
RNA-seqについては1サンプルからでも解析を受付しております。一度に全サンプルの解析を依頼するのは心配…という方は、まずは小規模の解析から始めて、結果を確認してから解析本数をスケールアップするといったことも可能です。
- 微量サンプルも解析いたします
希少なサンプルなど、規定核酸量を送付できない場合についてもお気軽にご相談下さい。特にRNA-seqではトータルRNA 5ng程度で解析できた実績がございます。
- 前処理から解析まで一貫してサポート
生データをお返しするだけではなく、核酸の品質確認レポートや、シーケンスRUN情報、測定データにおいてはアノテーション情報の付加、GO解析・パスウェイ解析など充実したバイオインフォマティクス解析を行います。
レポートの一例：左からレポート表紙、RNA品質確認、シーケンスRUN情報
受託サービス紹介
① RNA-seq解析
- 生体内の遺伝子発現変動を網羅的に解析します。サンプル間での発現レベルを比較することで特異的に変動する遺伝子群を同定します。
- CLC genomics workbenchにて解析を行い、統計的優位に発現変動する遺伝子をピックアップします。またヒートマップ作成やパスウェイ解析、GO解析など論文にそのまま使用可能なバイオインフォマティクス解析も実施します。
② ChIP-seq解析
- クロマチン免疫沈降（ChIP）後のDNAの塩基配列を解析し、タンパク質結合部位を予測します。
- 転写修飾因子の結合領域の推定やヒストン修飾のDNA領域探索などの研究に用いられます。
シーケンサー | Next Seq 500 (PE 2x36base) |
|---|
ライブラリー | NEBNext® Ultra™ II DNA Library Prep Kit |
|---|
データ量 | 2000万リード相当／検体 |
|---|
サンプル | ChIPで回収した DNA 10ng （微量検体はお問い合わせください） |
|---|
納品物 | 解析レポート FASTQ, BAM/SAM file, BED file, 画像データ等をUSBメモリに格納 |
|---|
③ Exome-seq解析
- 全ゲノムのうちエクソン領域（エクソーム）を選択的に抽出・濃縮し、塩基配列を効率的に解析します。
- シーケンスで得られた塩基配列をリファレンスゲノム配列と照合して、エクソン上の変異（ SNV（SNP）/InDel） を検出し、各種アノテーション情報を付与して結果をお返し致します。
シーケンサー | Next Seq 500 (PE 2x36base) |
|---|
ライブラリー | NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit |
|---|
データ量 | 2000万リード相当／検体 |
|---|
サンプル | Total RNA 1 µg ※細胞、組織はRNA抽出も無料で実施 |
|---|
納品物 | 解析レポート FASTQ, CLC file, GE/TE file, BAM/SAM file, 画像データ等をUSBメモリに格納 |
|---|
④ アンプリコンシーケンス解析（腸内細菌叢解析）
近年、腸内細菌叢と疾患の関係についての研究が急速に進展し、消化器疾患をはじめ、肥満、糖尿病、アトピー、アレルギーなどの免疫疾患、さらには自閉症やうつ病など精神疾患にいたるまで様々な報告が出てきました。KPSLではNGSによるアンプリコンシークエンスを使った糞便（唾液・皮膚も可）からの腸内細菌叢解析を提供します（アンプリコンシーケンスは株式会社テクノスルガ･ラボにて実施します）。
分析サービスの特徴
・ 様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体のような幅広い検体に対応可
・ DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格でご提供（1検体から申し込み可）
・ 細菌・アーキア16S rRNAは、テクノスルガ・ラボの保有する微生物データベースとRDP(Ribosomal database project)の２種類で解析
・ RNAの解析も可能（出検には条件があります。別途お問い合わせください。）
【作業の流れ】
【解析仕様】
【納品内容・報告データ】
・ シーケンスデータ：fastaファイル、fastqファイル
・ 菌叢解析データ：csvファイル
・ 各種グラフファイル：htmlファイル
【詳細情報】
解析依頼先へのリンクとなります。サンプル準備などからご相談をお受けしますので、ご依頼の際はまず弊社までご連絡ください。
実施施設
つくば i-Laboratory LLP、株式会社セルイノベーター、株式会社テクノスルガ・ラボ、あるいは試験内容に応じて弊社提携先施設にて実施します。
つくば i-Laboratory LLPは国立大学法人筑波大学附属病院と株式会社LSIメディエンスとの協業・連携のもと、臨床検査技師会、地域関連団体の協力を得て臨床検査分野の教育・研究・診療の支援サービスを提供しています。現在次世代シーケンサーを用いたゲノム解析サービスを行っており、測定法の相談から測定結果の解釈など、 担当者が直接お客様の元へ赴き様々なニーズに対応致します。
問い合わせ・ご依頼
分析をご依頼の方はお問い合わせフォームより以下の情報をご連絡ください。
＜サンプル情報＞
サンプルの生物種（例：ヒト・マウス等）
サンプルの種類（例：細胞、凍結組織、培養液等）
サンプルの状態（例：細胞凍結ペレット、凍結組織片、可溶化バッファーに溶解等）
サンプル数
＜ご希望の受託サービス＞
RNA発現解析（RNA-seq）
ChIP-seq解析
Exome-seq解析
腸内細菌叢解析
＜ご要望詳細＞