次世代シーケンス(NGS)解析

次世代シーケンス(NGS)受託解析サービス

次世代シーケンサーを用いて、RNAの網羅的な発現解析(RNA-seq)や、転写修飾因子の結合領域の推定、ヒストン修飾のDNA領域探索(ChIP-seq)、エクソン領域の変異解析(Exome-seq)、がん細胞由来のcell free DNA解析(ctDNA)、腸内細菌叢解析を提供します。

(キーワード:次世代シーケンス・NGS・解析・外注)

受託サービス紹介

① RNA-seq解析

  • 生体内の遺伝子発現変動を網羅的に解析します。サンプル間での発現レベルを比較することで特異的に変動する遺伝子群を同定します。
  • CLC genomics workbenchにて解析を行い、統計的優位に発現変動する遺伝子をピックアップします。またヒートマップ作成やパスウェイ解析、GO解析など論文にそのまま使用可能なバイオインフォマティクス解析も実施します。
  • マイクロアレイでの実施も可能です。特に試験間での再現性を重要視される場合はマイクロアレイをお勧めします。ご予定の研究・試験内容をお伝えいただければ最適な分析サービスを提案します。

シーケンサー

Next Seq 500 (PE 2x36base)

ライブラリー

NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit

データ量

2000万リード相当/検体

サンプル

Total RNA 1 µg

※細胞、組織はRNA抽出も無料で実施

納品物

解析レポート

FASTQ, CLC file, GE/TE file, BAM/SAM file, 画像データ等をUSBメモリに格納

② ChIP-seq解析

  • クロマチン免疫沈降(ChIP)後のDNAの塩基配列を解析し、タンパク質結合部位を予測します。
  • 転写修飾因子の結合領域の推定やヒストン修飾のDNA領域探索などの研究に用いられます。

シーケンサー

Next Seq 500 (PE 2x36base)

ライブラリー

NEBNext® Ultra™ II DNA Library Prep Kit

データ量

2000万リード相当/検体

サンプル

ChIPで回収した DNA 10ng

(微量検体はお問い合わせください)

納品物

解析レポート

FASTQ, BAM/SAM file, BED file, 画像データ等をUSBメモリに格納

③ Exome-seq解析

  • 全ゲノムのうちエクソン領域(エクソーム)を選択的に抽出・濃縮し、塩基配列を効率的に解析します。
  • シーケンスで得られた塩基配列をリファレンスゲノム配列と照合して、エクソン上の変異( SNV(SNP)/InDel) を検出し、各種アノテーション情報を付与して結果をお返し致します。

シーケンサー

Next Seq 500 (PE 2x36base)

ライブラリー

NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit

データ量

2000万リード相当/検体

サンプル

Total RNA 1 µg

※細胞、組織はRNA抽出も無料で実施

納品物

解析レポート

FASTQ, CLC file, GE/TE file, BAM/SAM file, 画像データ等をUSBメモリに格納

④ circulating tumor DNA(ctDNA)解析

ctDNAについて

  • がん患者の血液には正常細胞由来だけでなく腫瘍細胞由来のcell free DNAが微量に存在しており、これをcirculating tumor DNA(ctDNA)と呼びます。
  • ctDNAの変異の解析は分子標的治療薬の効果予測や薬剤耐性のモニタリングなどに有用な指標とされており、臨床有用性の早期確立と臨床検査としての実用化に期待が寄せられています。

検査への応用が期待されるcell free DNA

ctDNAの解析手法

  • 血中cfDNA量はごく微量であること、さらに正常細胞由来のDNAもある中から腫瘍由来の変異を検出しなければいけないことから、ctDNAの解析は高感度に精度よく測定する技術が求められます。これまではPNA-LNA-Clamp法といった変異特異的PCRやデジタルPCRといった手法が使われてきました。特にデジタルPCRをベースとしてフローサイトで検出するBEAMing法は、ctDNAを高感度に測定できる一つの手法です。
  • 最近は次世代シーケンサー(NGS)の精度向上と分子バーコード技術開発により、NGSによるctDNA解析が主流となりつつあり、多くの企業がctDNA解析のための試薬や測定サービスを展開しています。また日本では現在、産学連携全国がんゲノムスクリーニング事業「SCRUM-Japan GI-SCREEN」において、Guadant Health社のGuadant360アッセイを用いた消化器癌患者のctDNA中の遺伝子変異を検出する臨床研究がまさに進行中です。

ctDNAの解析サービス

弊社ではRoche社が開発した「AVENIO ctDNA Analysis システム」を使用しております。分子バーコードとin silicoでのエラー抑制技術を組み合わせた統合デジタルエラー抑制(iDES)戦略による優れた分析性能が特徴です。後期の固形腫瘍(肺がん、大腸がんなど)の患者を主なターゲットとし、血漿検体(リキッドバイオプシー)から4種類の遺伝子変異(SNV, Indel, CNV, Fusion)を調べることができます。

ctDNA解析のためのサンプル採取

cell free DNA解析用の採血を行う場合、通常の抗凝固剤入り採血管ですと採血後の時間の経過に伴い有核血液細胞由来のDNAが増加し、腫瘍など解析対象となるctDNAの存在率が相対的に低下してしまいます。正確な結果を得るためには、適切な採血および試料の保存が非常に重要です。複数のメーカーがctDNA解析専用の採血管を開発していますので、参考にしてください。

 

 

⑤ アンプリコンシーケンス解析(腸内細菌叢解析)

近年、腸内細菌叢と疾患の関係についての研究が急速に進展し、消化器疾患をはじめ、肥満、糖尿病、アトピー、アレルギーなどの免疫疾患、さらには自閉症やうつ病など精神疾患にいたるまで様々な報告が出てきました。KPSLではNGSによるアンプリコンシークエンスを使った糞便(唾液・皮膚も可)からの腸内細菌叢解析を提供します(アンプリコンシーケンスは株式会社テクノスルガ・ラボにて実施します)。

 

分析サービスの特徴

・ 様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体のような幅広い検体に対応可

・ DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格でご提供(1検体から申し込み可)

・ 細菌・アーキア16S rRNAは、テクノスルガ・ラボの保有する微生物データベースとRDP(Ribosomal database project)の2種類で解析

・ RNAの解析も可能(出検には条件があります。別途お問い合わせください。)

【作業の流れ】

【解析仕様】

【納品内容・報告データ】

・  シーケンスデータ:fastaファイル、fastqファイル

・  菌叢解析データ:csvファイル

・  各種グラフファイル:htmlファイル

 

【詳細情報】

解析依頼先へのリンクとなります。サンプル準備などからご相談をお受けしますので、ご依頼の際はまず弊社までご連絡ください。

実施施設

つくば i-Laboratory LLP、株式会社セルイノベーター、株式会社テクノスルガ・ラボ、あるいは試験内容に応じて弊社提携先施設にて実施します。

問い合わせ・ご依頼

お問い合わせはこちら

 

分析をご依頼の方はお問い合わせフォームより以下の情報をご連絡ください。

 

<サンプル情報>

サンプルの生物種(例:ヒト・マウス等)

サンプルの種類(例:細胞、凍結組織、培養液等)

サンプルの状態(例:細胞凍結ペレット、凍結組織片、可溶化バッファーに溶解等)

サンプル数

 

<ご希望の受託サービス>

RNA発現解析(RNAseq)

RNA発現解析(マイクロアレイ)

ChIP-seq解析

Exome-seq解析

circulating tumor DNA(ctDNA)解析

腸内細菌叢解析

 

<ご要望詳細>

 

KPSL News

遺伝子解析特集 ~次世代シーケンサーの基本原理と新たな技術の紹介~(2.03 MB)