RNA-seq解析(網羅的遺伝子発現解析)

RNA-seq 解析(網羅的遺伝子発現解析) 受託サービス

次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現を網羅的に解析する技術です。

サンプル間での遺伝子発現レベルを比較することで特異的に変動する遺伝子を同定し、変化した機能を推定します。

KPSLのRNA-seq 解析の特徴

  • RNA抽出も実施しております。組織や細胞の状態のままご提出いただければ、データ解析まで一貫して実施いたします。
  • RNA抽出からデータ解析まで全てを含んだパッケージが 67,000円 (税抜)~とお求めやすい価格です。
  • ご希望の方にはご依頼前および結果報告の際にwebミーティングを実施し、解析内容を確認しながら進めてまいります。
  • 全工程を国内機関で実施いたします。

 

このような方におすすめいたします

  • RNA-seq解析の経験が少なく、データ解析まで一通り実施してもらいたい
  • 予算が限られており、できるだけコストを抑え多くのサンプルを測定したい

原理

  • NEBNext rRNA Depletion Kit(NEB Inc.)を用いてtotal RNAからrRNAを選択的に除去します。分解の見られるRNAでも解析可能であることが特徴です。
  • 次世代シーケンサーから得られた生データはCLC Genomics Workbench (QIAGEN Inc.)統合配列解析ソフトウェアを用いて解析を行い、各遺伝子の発現量を数値化します。

解析内容

  • Fastqデータ変換
  • リードマッピング
  • 発現量算出
  • TPM値の算出
  • 主成分分析
  • ヒートマップ作成と階層的クラスタリング
  • 発現変動遺伝子の選定
  • Gene Ontology/パスウェイ解析

解析目的に応じて、メタデータを統合させた主成分分析やヒートマップ作成、GSEA解析にも対応します。

データ一例

RNA QC

マッピングQC

ヒートマップおよび階層的クラスタリング

主成分分析

Venn図による発現変動遺伝子の共通/非共通の描画

パスウェイ解析結果の描画

GSEA解析

シーケンス条件

シーケンサー

Next Seq 500 (PE 2x36base)

ライブラリー

NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

NEBNext Ultra ⅡDirectional RNA Library Prep Kit

データ量

2000万リード相当/検体

※シーケンス作業はつくばi-Laboratory LLPにて実施いたします。

つくば i-Laboratory LLPは国立大学法人筑波大学附属病院と株式会社LSIメディエンスとの協業・連携のもと、臨床検査技師会、地域関連団体の協力を得て臨床検査分野の教育・研究・診療の支援サービスを提供しています。

測定サンプル

ヒト、マウス、ラットなどの哺乳動物

培養細胞、凍結組織、血球成分、FFPEなど

サンプル調製

Total RNA

必要量

総量 300 ng以上 濃度 20 ng/µL以上 液量 15 µL以上

保 存

-80℃

推奨条件

BioAnalyzerでの測定により、RNAの分解がないこと、DNAの混入が無いことを事前に確認いただくことを推奨します

培養細胞

必要量

5×10^5 個以上

保 存

-80℃

推奨条件

RNAの分解を防ぐため、TRIzol Reagent(ThermoFisher Scientific Inc.)やISOGEN(Nippon Gene Inc.)に完全に溶解した状態で提出いただくことを推奨します

組織

必要量

肝臓、心臓、脳、腎臓、肺、骨格筋など 10 mg 以上

骨、軟骨、脂肪などRNA量が少ない組織はご相談ください

保 存

-80℃

推奨条件

RNAの分解を防ぐため、TRIzol Reagent(ThermoFisher Scientific Inc.)やISOGEN(Nippon Gene Inc.)に完全に溶解した状態、もしくはRNAlater(ThermoFisher Scientific Inc.)などRNA安定化溶液に漬けた状態で提出いただくことを推奨します

価格

実施内容:RNA抽出、RNA QC、ライブラリー作成、シーケンス、データ解析

定価:67,000円(税込73,700円)/サンプル

 

サンプル数に応じてボリュームディスカウントが可能ですのでお問い合わせください。

納期

検体受領後2ヶ月程度

納期の希望がある場合、可能な範囲で対応いたしますので事前にご相談ください。

RNA QCで問題があった場合、納期に遅れが生じる場合があります。

納品物

・解析レポート

・FASTQ, BAM file, CLC file, 画像データ等をUSBメモリに格納

問い合わせ・ご依頼

お問い合わせはこちら

 

ご依頼の方はお問い合わせフォームより以下の情報をご連絡ください。

  • サンプルの生物種(例:ヒト・マウス等)
  • サンプルの種類(例:Total RNA・細胞・組織等)
  • サンプルの状態(例:細胞凍結ペレット、凍結組織片、可溶化バッファーに溶解等)
  • サンプル数
  • ご要望詳細